科学出版社拥有国内一流的学术出版基金资源，是目前三个国家级出版基金的主要出版承担单位。

1. 中国科学院科学出版基金（http://www.spfcas.org）

　　1989年12月，为了支持优秀科技书刊出版，繁荣科技出版事业，中国科学院设立了中国科学院科学出版基金（以下简称科学出版基金）。二十年来，累计资助科技图书1000多种，多项受资助图书获得国家级图书奖。在国内科学技术研究领域享有很高声誉，深受专家学者赞誉。
　　中国科学院科学出版基金委员会下设五个学科组，即数理化学科组、生命科学学科组、地球科学学科组、技术科学学科组，及信息技术科学学科组。各学科组专家均由国内本学科领域知名学者组成，为确保科学出版基金资助项目的学术水平提供了有力的保障。科学出版基金评审遵循科学严格的评审程序，保证基金评审的公平、公正、公开。
　　中国科学院科学出版基金办公室设在北京市东黄城根北街16号科学出版社院内，所有基金资助图书项目均由科学出版社出版。基金办公室负责为每个受资助项目的申请者确定一位专业编辑负责图书出版工作。

2. 国家科学技术学术著作出版基金

　　国家科学技术学术著作出版基金经国务院批准设立，面向全国，专项用于资助自然科学和技术科学方面优秀的和重要的学术著作的出版。该基金由科技部管理，每年资助100余项图书出版，对科技图书出版起到重要的支持作用。
　　科学出版社近年来积极组织推荐优秀选题申报国家科学技术出版基金，由专业编辑帮助申请者了解信息，准备材料，出版社统一申报项目，为申请者提供了便利。科学出版社每年获资助项目数量遥居全国出版社之首，占到该基金全部项目的半数，得到国家科学技术出版基金主管部门以及申请者的认可和赞誉。

3. 华夏英才基金（http://www.zytzb.org.cn/zytzbwz/hxyc/index.htm）

　　华夏英才基金是在中共中央统战部和有关部门支持下设立的专项基金，旨在支持民主党派和无党派人士中有代表性、有影响的高级专家、学者，特别是中国科学院院士、中国工程院院士和科教文卫等领域以及海外归国留学人员中的中青年杰出人才出版学术著作，开展科学技术、文化艺术研究，促进国内外学术交流与合作，推动我国科技文化艺术事业发展。截止2008年,华夏英才基金共支持出版了自然科学、社会科学和技术学科领域的学术专著近700余部。
　　科学出版社凭借自身的品牌优势和高度专业化的编辑队伍赢得该基金主管部门及申请者的信任和支持，承担了80%以上华夏英才基金资助项目的出版工作，并积累了宝贵的作译者资源。